원칙적으로 사업자가 관할세무서에 사업자등록을 하기전에는 사업자등록번호가 없기 때문에 세금계산서 자체를 교부받을수 없으므로 매입세액은 매출세액에서 공제를 하는 것이 아닙니다 그러나 사업자등록일전 매입세액으로서 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일이내에 대표자 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 교부받았을때는 매입세액은 공제받을수 있다는것은 잘 알고계실것입니다.
사업자등록전 매입세액공제 요건은 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일내에 교부받은 세금계산서이더라도 그 공급시기가 20일 이내여야 매입세액 공제대상이라는 것입니다.즉,사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 이내라 하더라도, 사업자등록전 매입세액으로 매출세액에서 공제받을수 있는 매입세액인지의 여부는 "공급시기"를 기준으로 하는 것이지 "세금계산서 수취일"를 기준으로 하는 것이 아니라는 것입니다.

이는 사업자등록전 매입세액 여부를 판단하는 것은 계약시점이나 대금지급시점이 아니라 공급시기가 기준이 된다는 점입니다.따라서 "중간지급조건부"의 경우에는 각 대금지급 약정일이 공급시기가 되는 것입니다. 중간지급조건부란 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전에 "계약금 이외의 대가를 분할하여 지급"하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 "6월 이상"인 경우를 말하며 "대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기"(계약금,중도금,잔금)로 하는 것이므로 계약금,중도금,잔금으로 최소한 3회 이상 나누어서 지급하는 경우를 말합니다.

신규사업자가 사업자등록전 부가가치세 매입세액의 공제여부 사례는 다음과 같습니다.

1) 일반적인 경우

◀ 2003.2.05 계약금 지급(10,000,000원 V.A.T.별도)
◀ 2003.2.10 사업자등록 신청
◀ 2003.2.28 잔금 10,000,000원(V.A.T.별도) 지급후 세금 계산서를 계약금과 잔금을 포함하여 교부받음

이 경우는 계약금과 잔금으로 나누어 지급하므로 잔금 지급시점이 공급시기가 됩니다. 따라서 2월 20일이 공급시기이므로 정당한 세금계산서로 2백만원을 매입세액으로 공제받을 수 있는 것입니다.

2) 중간지급조건부의 경우

◀2003.1.30 계약금 지급(10,000,000원 V.A.T.별도)
◀2003.2.05 중도금 지급( 5,000,000원 V.A.T.별도)
◀2003.2.10 사업자등록 신청
◀2003.7.30 잔금 5,000,000원 지굽후 세금계산서 받음(계약금, 중도금, 잔금을 포함한 2천만원)

이경우는 계약금, 중도금, 잔금으로 나누어 지급하고 그 기간이 6월 이상이면 중간지급조건부에 해당합니다. 따라서 대가의 각 부분을 지급하기로 한 때가 공급시기가 되는 것으로 위의 사례처럼 잔금지급일에 계약금,중도금,잔금을 포함하여 한꺼번에 세금계산서를 받았다면 계약금과 중도금에 대한 부가세 1,500,000원은 사업자등록전 매입세액으로 불공제 대상이 되는 것입니다. 단 이경우 계약금과 중도금에 대한 세금계산서를 별도로 등록전 대표자 주민등록 기재분으로 세금계산서를 교부받았다면 계약금과 중도금에 대한 부가세 1,500,000원도 공제가능한 것입니다. 왜냐하면 계약금과 중도금의 지급시기가 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내이기 때문입니다.

사업자등록전 매입세액 공제여부는 위의 사례처럼 "중간지급조건부" 등 특수한 경우를 유의해야 하며 무조건 20일 이내의 기간에 세금계산서를 교부받았다고 매입세액을 공제받는 것이 아니라 적법한 공급시기에 따라 세금계산서를 교부받아야 매입세액을 공제받을수 있다는 점을 유념해야 합니다.

또한 사업자등록전 매입세액 공제시 부가가치세 신고기한에 대하여 애매할수 있는데 예를들어 신규 사업자 등록 신청을 2003년 1월 5에 하였고 사업 준비를 위하여 2002년 12월 25일에 사업에 필요한 재화나 용역을 구입하고 대표자 주민등록기재분 매입세금계산서를 교부 받았을때 사업자등록상의 개업일자는 2003년1월 5일경우 부가가치세신고를 2002년2기확정신고로 보아 2003년 1월 25일까지하여야 하는지 아니면 대표자 주민등록분 매입세금계산서를 2002년 12월 5일에 받았다고 하더라도 사업자등록상의 개업일자를 기준으로 하여 2003 년 1기 예정신고시에 부가가치세를 신고하여야 하는지 여부가 애매할수 있습니다.

이경우 사업자등록전 대표자 주민등록 기재분 매입세금계산서를 교부받은 경우에는 원칙적으로는 당애 매입세액은 2002년 제2기 확정신고시의 공제대상이 되는 것으로 2002년 2기확정신고를 해야하나 관련 예규는 다음과 같습니다.

사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내에 재화나 용역을 공급받으면서 수취한 세금계산서상의 매입세액 중 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하여 불공제되는 매입세액을 제외하고는 당해 세금계산서를 수취한 날이 속하는 동법 제3조 제1항의 규정에 의한 과세기간에 매출세액에서 공제하거나 환급세액에 가산하는 것임(부가46015-1236, 2001.09.12)